یکی از مشکلات عمده در تولید محصولات کشاورزی که در سراسر جهان حائز اهمیت است و باید به آن توجه کرد شوری خاک است. شوری خاک اشاره به مقدار نمک موجود در خاک دارد و می توان مقدار آن را با اندازه گیری هدایت الکتریکی (EC) نمونه خاک، برآورد کرد. شوری تقریبا بر تمام جنبه های رشد گیاهان شامل: جوانه زنی، رشد رویشی و تولید مثل، تاثیر می گذارد. شوری خاک باعث ایجاد سمیت یونی، استرس اسمزی،کمبود مواد مغذی (N,Ca,K,P,Fe,Zn)می شود.
یکی از اثرات شوری خاک بر گیاهان کاهش جذب آب است. در خاک های شور غلظت بالای نمک، فشار اسمزی را بالا می برد. فشار اسمزی رابطه نزدیکی با جذب آب و رشد گیاه دارد و در نتیجه بالا بودن آن باعث کاهش جذب آب و پژمرده شدن گیاه می شود.
همچنین از دیگر اثرات منفی شوری خاک بر گیاه، بالا بودن یک یون خاص در خاک است که موجب ایجاد مسمویت در گیاه می شود. هنگامی که یک گیاه، یون های نمکی مضر موجود در خاک شور را جذب میکند ممکن است نشانه های ظاهری مانند کاهش رشد گیاه، کوچک شدن برگ ها، نکروز شدن حاشیه برگ ها و یا تغییر شکل میوه در گیاه نمایان شود، که به این امر مسمومیت با یون خاص می گویند.
از دیگر اثرات شوری خاک می توان به اختلال در جذب مواد مغذی ضروری برای گیاه، اشاره کرد.عدم تعادل در میزان نمک در خاک ممکن است منجر به رقابت بین عناصر شود. میزان زیاد یک یون جذب یون دیگر را محدود می کند. به عنوان مثال، میزان بیش از حد کلرید جذب نیترات را کاهش می دهد، اضافه شدن فسفر اضافی به زمین باعث کاهش جذب منگنز شده و اضافه شدن پتاسیم جذب کلسیم را محدود می کند.
در روش بایوجمی با استفاده از محلول های بایوجمی مخصوص رفع شوری خاک، کاهش شوری در اطراف ریشه به وضوح مشاهده شده است. محلول های بایوجمی با افزایش تبادل کاتیونی خاک و همچنین با فراهم کردن شرایط شیمیایی مناسب در اطراف ریشه، اثرات مضرر شوری را دفع میکنند.